1、定義不同：
光學顯微鏡是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供人們提取微細結構信息的光學儀器。
全自動掃描電子顯微鏡技術的應用是建立在光學顯微鏡的基礎之上的，光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。
2、分類不同：
光學顯微鏡有多種分類方法，按使用目鏡的數目可分為三目，雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光，相襯和微分干涉對比顯微鏡等。
全自動掃描電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。
3、組成結構不同：
顯微鏡的光學系統主要包括物鏡、目鏡、反光鏡和聚光器四個部件。廣義的說也包括照明光源、濾光器、蓋玻片和載玻片等。
全自動掃描電子顯微鏡由鏡筒、真空裝置和電源柜三部分組成。
4、和光學顯微鏡及透射電鏡相比，掃描電鏡具有以下特點：
1、能夠直接觀察樣品表面的結構，樣品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。
2、樣品制備過程簡單，不用切成薄片。
3、樣品可以在樣品室中作三度空間的平移和旋轉，因此，可以從各種角度對樣品進行觀察。
4、景深大，圖象富有立體感。掃描電鏡的景深較光學顯微鏡大幾百倍，比透射電鏡大幾十倍。
5、圖象的放大范圍廣，分辨率也比較高。可放大十幾倍到幾十萬倍，它基本上包括了從放大鏡、光學顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。分辨率介于光學顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。
6、電子束對樣品的損傷與污染程度較小。
7、在觀察形貌的同時，還可利用從樣品發出的其他信號作微區成分分析。
