電子光學顯微鏡有很多種分類方式：按應用目鏡的數量可分為雙目和單目顯微鏡；按圖象是否存在層次感可分為立體視覺與非立體視覺顯微鏡；按觀查對像可分為微生物和金相分析顯微鏡等；按成像原理可分為偏光鏡、相映和物位干預比照顯微鏡等；按光源類型可分為一般光、瑩光、紫外線、紅外線和激光器顯微鏡等；按信號接收器種類可分為看著、數碼科技(拍攝)顯微鏡等。常見的顯微鏡有雙目體視顯微鏡、金相顯微鏡、偏光顯微鏡、熒光顯微鏡等。
1. 體視顯微鏡
體視顯微鏡又被稱為"實體線顯微鏡"或"解剖學鏡"，是一種具有就像層次感地看著儀器設備。在生物、醫療領域廣泛運用于切片操作和顯微外科手術；在工業生產中用以細微零件和集成電路芯片的觀察、安裝、檢測等工作中。其具有如下所示特性：
(1)充分利用雙通道內存激光光路，雙眼物鏡里的左右兩個光線沒有平行面，反而是具有一定的交角--體角度(一般為12度--15度)，為上下雙眼給予一個具有層次感的影像。它實際上就是2個單物鏡顯微鏡并排擺放，倆個物鏡的主軸組成等同于人們常用雙眼觀查一個物體時所產生的角度，為此產生三維空間的立體視覺圖象。
(2)像是站立的，有利于操作控制解剖學，這是因為在目鏡下方三棱鏡把象反轉來的原因。
(3)盡管放大率比不上基本顯微鏡，但是其工作距離較長。
(4)相對孔徑大，有利于觀查被檢一個物體全層。
(5)視場角孔徑大。
現階段體后視鏡的光學結構是：由一個共享的初中級物鏡，對物件成像后兩光線被2組正中間物鏡----調焦鏡分離，合為一體角度再經過各自目鏡成像，它倍數轉變是通過更改正中間鏡組間的距離而得到的，因而也稱為"持續變倍體視顯微鏡"(Zoom-stereo microscope)。伴隨著運用的規定，現階段體后視鏡可選裝豐富多彩的挑選配件，如瑩光，拍照，攝象，冷光燈等。
2. 金相分析顯微鏡
金相顯微鏡是專門用來觀查金屬和礦物質忍不透明物體合金成分的顯微鏡。這種不透明物體不能在普通透射光顯微鏡中觀查，故金相和一般顯微鏡的重要區別就在于前面一種以折射光，后者以透射光照明燈具。在金相分析顯微鏡中照明燈具光線從物鏡方位射入被位置與方向表層，被物面散射后再回到物鏡顯像。這類反射面設計形式也廣泛運用于集成電路芯片單晶硅片的檢測工作中。
